الفلتر البيولوجي هو استخدام البكتريا الطبيعية المفيدة للتخلص من مركبات النفايات العضوية من المياة ، وهي عملية يتم من خلالها اكسدة مركبات الامونيا في الماء الي نيتريت ثم الي نترات ، تعد البكتريا التي تقوم بالعمل في المرشح البيولوجي جزءاً من "دورة النيتروجين" وهي سلسلة من الاحداث التي تعمل في الطبيعة . يمكنه الجمع بين مزايا فلتر التهوية وزالة المخلفات الصلبة لتحسين تكوين الفيلم البيولوجي عالي التركيز مع كفاءة معالجة عالية ، يمكن تحسين معدل تحويل نيتروجين الامونيا 2-4 مرات ، له وظيفه مزدوجة كمرشح بيولوجي وفلتر ميكانيكي مبتدئ ، ونفس الوقت له وظائف الغسيل العكسي .